Комората има постојани и повремени комисии, како помошни работни тела на Комората, составени од членови и Претседател на комисијата. Членовите и Претседателот на постојаните комисии ги избира Собранието на предлог на Претседателот на Комората од редот на членовите на Комората.
Комисија за стручно-медицински прашања
д-р Беким Исмаили, претседател
Членови:
д-р Елизабета Стојовска - Јовановска
д-р Иринка Сотирова - Бухова
д-р Снежана Марковиќ - Темелкова
д-р Оливер Каранфилски
Комисија за етички и правни прашања
д-р Весна Герасимовска, претседател
Членови:
д-р Газменд Амзаи
д-р Едип Шеји
д-р Сенавер Селими
д-р Ѓоре Дервишов
д-р Александар Мишев
д-р Љупчо Арсовски
Комисија за економски и социјални прашања
д-р Јакуп Јакупи, претседател
Членови:
д-р Бети Тодоровска
д-р Љупчо Николов
д-р Јован Тодоровски
д-р Томислав Цуцулоски
Комисија за доделување награди за постигнување во областа на здравството
"Св. Наум Охридски"
д-р Даница Моневска - Поповиќ, претседател
Членови:
д-р Лаура Горчај
д-р Ферид Муча
д-р Јованка Алексова
д-р Златко Лазаревски
Комисија за следење на промените во здравствениот систем
д-р Љубомир Стефановски, претседател
Членови:
д-р Макбуле Елези
д-р Ирена Ефтимовска - Рогач
д-р Билјана Калчовска - Ивановска
д-р Беким Поцеста
Комисија за информативно-пропагандна и издавачка дејност
д-р Оливер Алексовски, Главен и одговорен уредник на Vox medici
Членови:
д-р Ирфан Ахмети
д-р Атила Реџепи
д-р Владимир Аврамовски
д-р Александар Димовски
Комисија за стручен надзор
д-р Илир Хасани, претседател
Членови:
д-р Нагип Руфати
д-р Ѓорѓи Дерибан
д-р Панче Арсов
д-р Билјана Ширгоска
Комисија за спортски активности
д-р Љупчо Милановски, претседател
Членови:
д-р Њомза Љумани
д-р Лулзим Јахоја
д-р Жаклина Штерјова - Марковска
д-р Африм Маќалара
Комисија за специјализанти и млади доктори
д-р Пајтим Асани, претседател
Членови:
д-р Марио Јованоски
д-р Миралем Јукиќ
д-р Елена Цветиновска
д-р Билјана Додева
Комисија за приватно здравство
д-р Мухарем Салиу, претседател
Членови:
д-р Гафур Полиси
д-р Марина Поп - Лазарова
д-р Џенгис Јашар
д-р Сашко Николовски
Комисија за рурален развој
д-р Соња Мавродиева - Георгиевска, претседател
Членови:
д-р Газменд Хаљити
д-р Емануела Белулоска
д-р Мирјана Цинциева
д-р Дамир Тепшиќ
Комисија за управување со Фондот за взаемна помош
д-р Фатмир Меџити
д-р Никола Ќулафковски
д-р Соња Михаиловска
