Комората има постојани и повремени комисии, како помошни работни тела на Комората, составени од членови и Претседател на комисијата. Членовите и Претседателот на постојаните комисии ги избира Собранието на предлог на Претседателот на Комората од редот на членовите на Комората.
Комисија за стручно-медицински прашања
д-р Шенаси Јусусфи, претседател
Членови:
д-р Елизабета Стојовска - Јовановска
д-р Иринка Сотирова - Бухова
д-р Оливер Каранфилски
д-р Љубинка Дамјановска
Комисија за етички и правни прашања
д-р Весна Герасимовска, претседател
Членови:
д-р Енис Бојку
д-р Љупчо Арсовски
д-р Илир Хасани
д-р Ѓоре Дервишов
д-р Александар Мишев
д-р Љавдим Ибраими
Комисија за економскo-социјални прашања
д-р Едмонд Вејсели, претседател
Членови:
д-р Бети Тодоровска
д-р Петар Васиќ
д-р Јован Тодоровски
д-р Миќун Миќуновиќ
Комисија за доделување награди за постигнување во областа на здравството
"Св. Наум Охридски"
д-р Маја Мојсова - Мијовска, претседател
Членови:
д-р Лулије Ибраими - Јахја
д-р Нагип Руфати
д-р Македонка Глигорова
д-р Камка Пекетчиева
Комисија за следење на промените во здравствениот систем
д-р Кирил Сливоски, претседател
Членови:
д-р Небиљ Аббас
д-р Никола Граматниковски
д-р Гордана Божиновска Беака
д-р Лејла Радончиќ
Комисија за информативно-пропагандна и издавачка дејност
д-р Оливер Алексовски, Главен и одговорен уредник на Vox medici
Членови:
д-р Беким Татеши
д-р Висар Лешко
д-р Лилјана Малиновска Николовска
д-р Миралем Јукиќ
Комисија за стручен надзор
д-р Ирфан Ахмети, претседател
Членови:
д-р Александар Трајановски
д-р Јакуп Јакупи
д-р Панче Арсов
д-р Билјана Ширгоска
Комисија за спортски активности
д-р Љупчо Милановски, претседател
Членови:
д-р Милан Гудев
д-р Генц Селмани
д-р Марија Гоцевска
д-р Аднан Џабири
Комисија за специјализанти и млади доктори
д-р Роберт Николовски, претседател
Членови:
д-р Димитар Стоилковски
д-р Ивана Милошевска
д-р Иле Кузмановски
д-р Африм Салиу
Комисија за приватно здравство
д-р Ремизе Алији, претседател
Членови:
д-р Илија Нешковски
д-р Едон Ќамили
д-р Светлана Трифуновска
д-р Борислав Манев
Комисија за рурален развој
д-р Игор Јовановски, претседател
Членови:
д-р Исмаил Машкули
д-р Александар Божиновски
д-р Влатко Грковски
д-р Алириза Османи
